合成全過程可分為三個階段，即原料來源、活化和甘油磷脂生成。甘油磷脂的合成在細胞質滑面內質網上進行，通過高爾基體加工，最后可被組織生物膜利用或成為脂蛋白分泌出細胞。機體各種組織(除成熟紅細胞外)即可以進行磷脂合成。

1.原料來源

合成甘油磷脂的原料為磷脂酸與取代基團。磷脂酸可由糖和脂轉變生成的甘油和脂肪酸生成(詳見甘油三酯合成代謝)，但其甘油C2位上的脂肪酸多為必需脂肪酸，需食物供給。取代基團中膽堿和乙醇胺可由絲氨酸在體內轉變生成或食物供給。

絲氨酸——→乙醇胺——→膽堿

2.活化

磷脂酸和取代基團在合成之前，兩者之一必須首先被CTP活化而被CDP攜帶，膽堿與乙醇胺可生成CDP膽堿和CDP乙醇胺，磷脂酸可生成CDP甘油二酯。

3.甘油磷脂生成

(1)磷脂酰膽堿和磷脂酰乙醇胺

這兩種磷脂生成是由活化的CDP膽堿與CDP-乙醇胺和甘油二脂生成。此外磷脂酰乙醇胺在肝臟還可由與腺苷蛋氨酸提供甲基轉變?yōu)榱字Ｄ憠A。

(2)磷脂酰絲氨酸

體內磷脂酰絲氨酸合成是通過Ca++激活的酰基交換反應生成，由磷脂酰乙醇胺與絲氨酸反應生成磷脂酰絲氨酸和乙醇胺。

磷脂酰乙醇胺+絲氨酸—→磷脂酰絲氨酸+乙醇胺

(3)磷脂酰肌醇、磷脂酰甘油和心磷脂

上述三者生成是由活化的CDP甘油二酯與相應取代基團反應生成

(4)縮醛磷脂與血小板活化因子

縮醛磷脂與血小板活化因子的合成過程與上述磷脂合成過程類似，不同之處在于磷脂酸合成之前，由糖代謝中間產物磷酸二羥丙酮轉變生成脂酰磷酸二羥丙酮以后，由一分子長鏈脂肪醇取代其第一位脂?；?，其后再經還原(由NADPH供H)、轉?；炔襟E合成磷脂酸的衍生物。此產物替代磷脂酸為起始物，沿甘油三酯途徑合成膽堿或乙醇胺縮醛磷脂。血小板活化因子與縮醛磷脂的不同在于長鏈脂肪醇是飽和長鏈醇，第2位的脂酰基為最簡單的乙?；?。