刑事訴訟中的專門機(jī)關(guān)即依照法律規(guī)定在刑事訴訟活動(dòng)中行使法定職權(quán)的國家機(jī)關(guān)，包括人民法院、人民檢察院和公安機(jī)關(guān)。同時(shí)依據(jù)《刑事訴訟法》第4條、225條的規(guī)定，國家安全機(jī)關(guān)、軍隊(duì)保衛(wèi)部門和監(jiān)獄分別對(duì)危害國家安全的刑事案件、軍隊(duì)內(nèi)部發(fā)生的刑事案件和監(jiān)獄內(nèi)犯罪的刑事案件行使偵查權(quán)。此外，自1998年起，國家在各級(jí)海關(guān)設(shè)立走私犯罪偵查部門，所以，海關(guān)所屬的走私犯罪偵查機(jī)構(gòu)也屬于刑事訴訟中的專門機(jī)關(guān)。

一、人民法院

根據(jù)《憲法》第1 23條和《人民法院組織法》的規(guī)定，人民法院是國家的審判機(jī)關(guān)，代表國家獨(dú)立行使審判權(quán)。人民法院的任務(wù)是審判刑事、民事和行政案件，并且通過審判活動(dòng)懲辦一切犯罪分子，解決民事、行政糾紛，以保衛(wèi)人民民主專政制度，維護(hù)社會(huì)主義全民所有的財(cái)產(chǎn)、勞動(dòng)群眾集體所有的財(cái)產(chǎn)，保護(hù)公民的人身權(quán)利、民主權(quán)利和其他權(quán)利，保障社會(huì)主義建設(shè)事業(yè)的順利進(jìn)行，并教育公民忠于社會(huì)主義祖國，自覺地遵守憲法和法律。

人民法院是刑事訴訟中唯一有權(quán)行使審判權(quán)和定罪權(quán)的專門國家機(jī)關(guān)，未經(jīng)人民法院依法判決，對(duì)任何人不得確定有罪。

我國的人民法院體系依照《人民法院組織法》的規(guī)定由最高人民法院、地方各級(jí)人民法院和專門人民法院組成。我國目前的專門人民法院有軍事人民法院、鐵路運(yùn)輸法院和海事法院(海事法院沒有審判刑事案件的審判權(quán))。

二、公安機(jī)關(guān)

公安機(jī)關(guān)是國家的治安保衛(wèi)機(jī)關(guān)，擔(dān)負(fù)著保衛(wèi)國家安全和社會(huì)治安的任務(wù)，是各級(jí)人民政府的組成部門，是武裝性質(zhì)的行政執(zhí)法機(jī)關(guān)，擔(dān)負(fù)著保衛(wèi)國家社會(huì)治安，維護(hù)社會(huì)秩序的重要任務(wù)。雖然人民法院和人民檢察院在性質(zhì)上屬于司法機(jī)關(guān)，而公安機(jī)關(guān)屬于行政機(jī)關(guān)，但在刑事訴訟過程中，公安機(jī)關(guān)與人民法院、人民檢察院一樣發(fā)揮著重要作用。

公安機(jī)關(guān)的組成部門公安派出所是公安機(jī)關(guān)的派出機(jī)構(gòu)，履行基層公安機(jī)關(guān)的部分職責(zé)。

公安機(jī)關(guān)上下級(jí)之間是領(lǐng)導(dǎo)與被領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)系，上級(jí)公安機(jī)關(guān)可以直接指揮和參與下級(jí)公安機(jī)關(guān)的偵查活動(dòng)，不同地區(qū)、不同類型的公安機(jī)關(guān)之間實(shí)行相互配合、協(xié)調(diào)作戰(zhàn)的原則。

根據(jù)《刑事訴訟法》第1 8條的規(guī)定：刑事案件的偵查由公安機(jī)關(guān)進(jìn)行，法律另有規(guī)定的除外。所以，公安機(jī)關(guān)在刑事訴訟中的主要任務(wù)是負(fù)責(zé)刑事案件的偵查(人民檢察院、人民法院、軍隊(duì)保衛(wèi)部門、監(jiān)獄和走私犯罪偵查機(jī)關(guān)也承擔(dān)部分偵查職能)。

在刑事訴訟中，公安機(jī)關(guān)的主要職權(quán)有：

1．立案權(quán)

在認(rèn)為有犯罪事實(shí)發(fā)生需要追究刑事責(zé)任且屬于自己的管轄范圍時(shí)，公安機(jī)關(guān)有權(quán)決定立案。

2．偵查權(quán)

在偵查過程中，公安機(jī)關(guān)可依法訊問犯罪嫌疑人、詢問證人，有權(quán)進(jìn)行勘驗(yàn)、檢查、搜查，有權(quán)扣押物證、書證，凍結(jié)存款、匯款，組織鑒定和偵查實(shí)驗(yàn)，實(shí)施通緝，有權(quán)對(duì)犯罪嫌疑人采取拘傳、取保候?qū)彙⒈O(jiān)視居住等強(qiáng)制措施。對(duì)現(xiàn)行犯或重大犯罪嫌疑分子有權(quán)先行拘留。對(duì)符合條件的犯罪嫌疑人有權(quán)申請(qǐng)檢察機(jī)關(guān)批準(zhǔn)逮捕，對(duì)經(jīng)人民檢察院批準(zhǔn)逮捕或人民檢察院、人民法院決定逮捕的犯罪嫌疑人進(jìn)行逮捕。對(duì)有證據(jù)證明有犯罪事實(shí)存在的案件進(jìn)行預(yù)審，對(duì)符合法定條件的案件有權(quán)作出終結(jié)偵查的決定。

3．執(zhí)行權(quán)

公安機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)對(duì)被判處管制、拘役、剝奪政治權(quán)利罪犯的執(zhí)行，緩刑以及假釋、暫予監(jiān)外執(zhí)行的罪犯，執(zhí)行期間也由公安機(jī)關(guān)執(zhí)行。